境内の案内板によると、三輪神社の創立は永正年間(1515年頃)で、旧社格は「指定村社」。
　三輪神社のある井尻地区は、古くから水田・畑・山林がある里で、神社創立当時は金山村人工の四分の一の二百人近い人が住んでいた。
　この地は、井尻地区の水源地であり、室町時代の一五一五年頃、この地区の守り神として神社を建立し、谷川も宮洞谷と呼び以来崇めていた。